La Prueba de Paternidad Prenatal se realiza durante el embarazo. Dependiendo del periodo de gestación de la madre se realizada la prueba de Amnioentesis (entre la 14ª y 20ª semana) o Muestra de Vello Coriónico  (CVS) (entre la 10ª y 13ª semana). En ambos, se hace un examen de ADN del bebé inyectando un catéter o aguja, y en algunos casos se requiere de anestesia local o general.

El examen de ADN durante el embarazo también es utilizado para conocer si el feto tiene alguna complicación física o mental, el más común a analizar es el síndrome de Down .

Las prueba de paternidad prenatal, sin embargo, implican un  cierto riesgo de infección, lesiones en el feto o incluso abortos inesperados. Si bien este riesgo es mínimo, es aún posible.

La prueba de paternidad durante el embarazo además supone otro riesgo ético y moral para los padres cuando el resultado del test de paternidad no es el esperado, en algunos casos se llega a la decisión de aborto por parte de los padres.

Se aconseja realizar la prueba de ADN de paternidad posterior al nacimiento pues el proceso es más económico y no conlleva ningún riesgo. Por esta razón, la Prueba de Paternidad Prenatal no se ofrece a todos las embarazas y requiere de un consentimiento por parte de los médicos.

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